基于转录组测序的高羊茅分蘖与株高相关差异表达基因分析     

杨志民  邢瑞  丁鋆嘉  庄黎丽 《草业学报》2022,31(1):145-163

分蘖与株高是禾本科草类植物重要的农艺性状,明确参与调控分蘖与株高的基因类型对牧草和草坪草分子辅助育种具有重要意义。以表型差异明显的两个高羊茅品种“Kentucky-31”（K31）和“Regenerate”为材料,旨在构建高羊茅分蘖节转录组图谱,挖掘在分蘖节部位调控生长发育相关的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。基于高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500×Miseq 300进行转录组测序,并将得到的数据进行de novo组装,结果共获得77872条单基因簇（unigene）。将获得的unigenes与非冗余蛋白数据库（non-redundant protein database,NR）、蛋白质数据库（universal protein,Uniprot）、基因本体数据库（gene ontology,GO）、东京基因与基因组数据库（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）以及直系同源蛋白簇（clusters of orthologous groups,COG）数据库进行比对,结果显示：分别有59927、40213、44447、15146和13767条unigenes成功获得注释。“Regenerate”与“K31”对比有1573个上调DEGs和1441个下调DEGs。GO富集分析发现,DEGs主要富集在细胞、细胞组分、大分子复合物组装等生物过程。DEGs中共注释到42个差异表达转录因子,主要包括TCP、WRKY和ARF等19种类型。还注释到与8类植物激素相关的DEGs,包括生长素、细胞分裂素、脱落酸、赤霉素、乙烯、油菜素甾醇、水杨酸和茉莉酸。利用实时荧光定量PCR对DEGs进行表达模式验证,发现其与RNA-Seq测序结果一致,证实了测序结果的准确性。研究结果丰富了高羊茅的转录组序列资源,初步获得控制株高及分蘖发育的候选因子,为进一步开展基因功能及分子育种研究提供了理论支持。  相似文献   

Investigation of Co-infection of PPV7 and PCV2 and Genetic Variation Analysis for PPV7 Cap Gene in Fujian and Guangdong     

ZHANG Xinjie  XUE Shaohua  LYU Zixin  HUANG Xirong  CHEN Yuxuan  FAN Kewei  YANG Xiaoyan  DAI Ailing 《中国畜牧兽医》2022,49(6):2291-2297

【Objective】 To investigate the co-infection situation of Porcine parvovirus (PPV7) and Porcine circovirus type 2 (PCV2)in Fujian and Guangdong, and to understand the molecular genetic characteristics of PPV7 Cap gene.【Method】 The blood sample of 432 infected pigs from 69 pig farms in Fujian and Guangdong were collected to detect PPV7 and PCV2 by PCR.The PPV7 Cap gene of positive samples was cloned and sequenced.The DNAStar software was used to analyze the nucleotide and amino acid sequences of PPV7 Cap gene, and Mega 7.0 software was used to draw the genetic evolution tree.【Result】 The results showed that the positive rate of PPV7 was 21.99% (96/432), the positive rate of farms was 53.62%(37/69), and the positive rate of PCV2 was 54.17% (234/432), and the co-infection rate of PCV2 and PPV7 was 13.43% (58/432).The 17 PPV7 Cap gene sequences were amplified using PCR.Nucleotide homology analysis revealed that the homology of the 17 PPV7 Cap gene sequences was 85.6%-100%, and the homology with reference strains was 85.8%-99.0%.Amino acid sequence comparison analysis revealed that the amino acid homology of the 17 PPV7 Cap protein sequences was 87.6%-100%, and the amino acid homology with reference strains was 82.6%-98.7%.Phylogenetic analysis of Cap gene showed that PPV7 could be divided into five main evolutionary branches of PPV7a-PPV7e, among which 9 isolates belonged to PPV7a subtype, 3 isolates belonged to PPV7b subtype, 4 isolates belong to PPV7c subtype, and only 1 isolates isolates belonged to PPV7e subtype.【Conclusion】 This study indicated that PPV7 was widely prevalent in Fujian and Guangdong regions, and had a high co-infection rate with PCV2, which might be the pathogenic factor of Porcine circovirus associated disease(PCVAD).The genetic diversity of PPV7 isolates was abudant in both regions, and PPV7a was the dominant strain at present.The findings of this study provided theoretical basis and data reference for PPV7 prevention and control and vaccine research.  相似文献   

苔藓植物的生态功能及其在园林中的应用   总被引：8，自引：0，他引：8  

庄强  周瑞玲 《林业科技开发》2006,20(3):92-95

苔藓是世界上分布最广的植物之一,常生长在潮湿地带,遍布森林、温地、沼泽与山脉。介绍了苔藓在园林中的应用途径:可以专类园、小庭院、湿地原始生态景观、屋顶花园、微缩景观、室内园艺、污染环境绿化等形式应用。对推广苔藓植物在园林中的应用有指导意义。  相似文献   

威雷微胶囊水悬剂喷干法防治栗山天牛试验初报   总被引：5，自引：1，他引：5  

黎明  文希胜  马祥文  于国斌  杨素芹  庄文斌  曹路清 《吉林林业科技》2003,32(3):29-32

针对栗山天牛幼虫在干材里危害、隐藏性强、一般药物很难触及、防治非常困难等特点，在栗山天牛成虫羽化期，用触杀式威雷微胶囊水悬剂喷干灭虫，收到了明显的防治效果。  相似文献   

反义PSY基因植物表达载体的构建及其对中国水仙的转化   总被引：7，自引：0，他引：7  

邹清成  庄晓英  卢钢  江鸿飞 《浙江林业科技》2006,26(3):25-30

实验从中国水仙花瓣中分离得到该基因的572bp的片段，将该片段反向连接到pCAMBIA1301双元载体质粒上，得到CaMV 35S组成型启动子的表达载体pCAM35S-PSY，用“冻融法”将pCAM35S-PSY质粒转入农杆菌LBA4404和EHA105两个菌株中。PCR扩增和酶切鉴定结果表明，所构建的反义表达载体pCAM35S-PSY是正确的并已经成功导入农杆菌中。随后，按照业已建立的遗传转化体系对中国水仙进行了遗传转化，得到了转基因抗性芽。  相似文献   

工业原料林基地建设管理模式的探讨   总被引：1，自引：0，他引：1  

庄奇 《林业勘察设计》2004,(1):54-55

通过对现有原料林基地不同经营管理模式的分析比较，探索在现有市场经济条件下，工业原料林基地建设的管理模式，以及如何真正做到用材企业和林农形成利益共享。  相似文献   

森林土壤有机氮的X光吸收近边结构光谱技术测定     

庄舜尧  徐梦洁  胡正义 《林业研究》2006,17(3):189-192

本研究通过采用氮的K边X光吸收近边结构(XANES)技术来了解森林土壤有机氮,以此深入研究土壤中有机氮种类与其转化的定量关系。土壤样品采自台湾中部的云杉、铁杉林与草地。结果表明,氮的 XANES 可以揭示样品中不同的氮的种类。在土壤腐植质、可溶性氮及本体土壤中胺态及吡咯氮占了主要的比率。然而不同处理及植被下的土壤样品氮的种类分布是不同的。云杉与铁杉土壤可溶性有机氮在402.3 eV 能量处有显著的差异。在A层土壤中,吡啶类氮含量要显著高于O层土壤,说明氮在不同土层中的转化率存在极大的差异,这种变化对于氮在森林土壤中的循环将起重要作用。图3表1参8。  相似文献   

12种夹竹桃科植物的RAPD分析     

黄久香  张寿洲  庄雪影  李秉滔 《福建林业科技》2007,34(3):14-18

从80个随机扩增多态性DNA(RAPD)随机引物中筛选出22个谱带清晰且重复性好的引物用于PCR扩增,探讨夹竹桃科(Apocynaceae)10属12种植物的遗传关系。获得162个位点用于计算Nei’s遗传相似性系数,并应用NTSYS程序UPGMA法构建了系统发育树。黄蝉(Allamanda schottiiPohl.)与软枝黄蝉(A.catharticaL.)、红鸡蛋花(Plumeria rubraL.)与鸡蛋花(P.rubraL.‘Acutifolia’)之间的遗传相似性最高;在遗传相似性系数0.73处将12种植物划分为10个属,并在0.58处分为3支,但并不完全支持3个独立的亚科。RAPD分析结果与形态学的分析结果基本一致,可为夹竹桃科系统分类学提供分子生物学的证据。  相似文献   

速生杨二步超低酸水解液发酵制取燃料乙醇的研究     

庄新姝  王树荣  袁振宏  骆仲泱  吴创之  岑可法 《林产化学与工业》2007,27(4):61-65

以速生杨二步超低酸水解方法获得的水解液为原料,在28℃、100 r/min等发酵条件下,选择热带假丝酵母(C.2.637)和酿酒酵母(S.2.699)分别对第一步和第二步水解液进行了发酵制取燃料乙醇的研究,并考查了Ca(OH)2中和、过中和、活性炭吸附等预处理方法及菌种预适应驯化对乙醇转化率的影响。结果表明:热带假丝酵母能够更好地利用第一步水解液生成菌体,适合生产单细胞蛋白;菌种驯化后发酵速度和乙醇转化率均有提高,尤其是以酿酒酵母发酵第二步水解液,乙醇转化率由14.45%增至39.37%;Ca(OH)2过中和的方法处理后的水解液,乙醇转化率有所增加;以五碳糖为主同时含有六碳糖的速生杨第一步水解液,假丝酵母发酵产乙醇的效果好于酿酒酵母。  相似文献   

农田防护林带胁地原因及控制措施   总被引：1，自引：0，他引：1  

庄质彬  张昆  匡正 《林业科技》2006,31(2):18-18,50

农田防护林在防风固土、增温保墒和提高农作物产量等方面的效益,已在生产实践中得到了证实。但近年来,由于国家调整土地及一系列富农政策的出台和实施,农林争地矛盾尤显突出,农田防护林也存在着胁地的不利一面。因此,分析林带胁地的原因,探索减免胁地的技术措施,对扩大营造农田  相似文献